フェイズ１
１－１ キールベイン：ストーリーライン
※主な登場人物：
・異端審問官キールベイン
・罪人ザック・プレバンス
１．１ 小話増刊：「鉄道騎士団」
１．２ リプレイ：「誓白の聖女」
→歴史イベント「法王庁襲撃事件」へ
（２－８ 小話「法王庁襲撃編 Ｎｏ９‘剛剣喰らい’」「Ｖｅｒ．２」「Ｖｅｒ．３」参照）
１－２ カナン・ヨハナン：ストーリーライン
※主な登場人物：
・異端審問官カナン・ヨハナン
・罪人フィリス・ワーレイス
・異端審問官ベルン・ハース
・第七課課長イルドルフ
２．１ リプレイ：「琥珀の寝台」
２．２ 小話：「冥府炭鉱区」
→歴史イベント「法王庁襲撃事件」へ
（２－６ 小話「法王庁襲撃編 Ｎｏ３‘狂い牙’」
２－７ 小話「法王庁襲撃編 Ｎｏ７‘火連の錬金術師’」参照）
１．３ 混濁の魔獣：ストーリーライン
※主な登場人物
・罪人アムンゼン
・神跡記録官キルシェ
・猟犬オルティア
３．１ 小話：「姉妹」 → その後のシナリオ
３．２ 小話：「街道にて」
→歴史イベント「法王庁襲撃事件」へ
（２－４ 小話「法王庁襲撃編 Ｎｏ５‘鋼翼の執行人’」参照）
１．４ 時越の錬金術師：ストーリーライン
※錬金術師‘導師’アニエス
４．１ 小話：「時越えの錬金術師」
４．２ 小話：「～‘時越え’の手紙～」
→歴史イベント「法王庁襲撃事件」へ
（２－１２ 小話「法王庁襲撃編 Ｎｏ２‘銀水晶’」参照）
１．５ 第九課：ストーリーライン
※主な登場人物：
・第九課課長ヒュー・ベルガー
・異端審問官ラーラ・メルデ
・異端審問官アルデ・ステルリア
・異端審問官ニハト・バルバス
・異端審問官アベラルド・ホーケン
５．１ 小話：「冥府炭鉱区」（２．２と同イベント）
５．２ 小話：「下級貴族」
５．３ 小話：「ドヴェルグ人ＡＦ工房」
５．４ 小話：「武装教団制圧」
５．５ 小話：「アスガルド鉄道第二福音線」（ウーべゼラードの手記と同イベント）
→歴史イベント「法王庁襲撃事件」へ
（２－１１ 小話「法王庁襲撃編 Ｎｏ１‘全てを知る者’」参照）
１．６ 歴史イベント「法王庁襲撃事件」 フェイズ１・ラストエピソード
フェイズ２
１－１ キールベイン：ストーリーライン
１．３ 小話増刊：「パナケアの矢」
１－２ カナン・ヨハナン：ストーリーライン
２．３ 小話：「カナンとフィリス」
１．３ 混濁の魔獣：ストーリーライン
３．３ 小話：「逆十字団・後日譚」
３．３ 小話増刊：「聖アンティヌ祭の奇跡」
３．４ 小話：「学園編」
３．５ 小話：「キルシェと聖冠騎士団」
１．６ 第八課：ストーリーライン
※主な登場人物
・第八課課長‘鉄翼鷲’ライナス・バルグ
・異端審問官ジャンルイジ
・異端審問官エスピノーザ・クフォン
・異端審問官ルシアーノ・ベルティ
・異端審問官ジュノイ・アーク
６．１ 小話：「司教座都市カミュエ城門前」
６．２ 小話：「ザッシュ・ネイビスの反乱」（再録予定）
６．３ 小話：「ミルドラド司教の崩御」（再録予定）
６．４ 小話：「暗殺者ギルド‘兎の卵’」
６．５ 小話：「炭鉱都市メセタの制圧」
６．６ 小話：「‘永久の聖女’と、‘娼婦二ノン’」
１．７ 招集発令：ストーリーライン
※主な登場人物
・第三課課長‘神奏者’ロイドリッツ
・第五課課長‘聖識師’ケステ・ジャイム
・第六課課長‘再生官’ルナン・クライトス
・第十課課長‘断絶侯’ローフェルマウス
・ 第十一課課長‘紅蓮腕’フェルメノ・キルス
７．１ 小話：「予兆・前編」（八課、十課、十一課）
「予兆・後編」
７．２ 小話 「月光」（五課、七課）
歴史イベント：新生逆十字団
・設定：新生逆十字団・構成
・「新生逆十字団 ～誕生編」
・「新生逆十字団 ～七課壊滅編」フェイズ２・ラストエピソード
・「新生逆十字団 ～聖陵墓編」エピソード４・ラストエピソード
